Биохимийн замын өгөгдлүүд

Ген болон уургийн экспресс нь генетик код фенотип болон хувирах процессийн ердөө эхний хоёр шат юм. Ген экпсресслэгдэж трансляцид орохдоо үүссэн бүтээгдэхүүнүүд нь биохимийн зам хэмээх зүйлийг дамжих хэрэгтэй болдог.

Организмд хэрэгтэй бүтээгдэхүүнийг ердөө ганц ферментээр катализад орсон нэг чиглэлт урвалаар үүсгэнэ гэж бараг байдаггүй. Тиймээс биохимийн ярвигтай замыг дамжсаны дараа тодорхой эцсийн бүтээгдэхүүн үүсдэг тул уураг бүр хоорондоо харилцан хамааралтай байж дараагийн уурагт өмнөх экспресслэгдсэн уураг нөлөөлж байдаг.

Заримд тохиолдолд олон салаалж орооцолдсон метаболизмын замууд нь ген, геномын дараалал судлахаас ч илүү төвөгтэй байх нь бий.

Комплекс Метаболизмын замын зураглал

Метаболизмын зам дахь одоогоор судлагдаад байгаа урвалуудын ихэнхийг оруулсан веб дээр суурилсан программууд байдаг ба хайлт хийх замаар мэдээллийг олж авдаг. Одоохондоо вебд бүх метаболизмын замыг бүрэн дүүрэн багтаасан нарийн өгөгдлийн сан байхгүй юм.

WIT ба KEGG

Веб дэх хамгийн сайн, өргөн хэрэглэгддэг метаболизмын замын өгөгдлийн сан бол What is There (http://wit.mcs.angl.gov/WIT2/) ба Ген ба геномын талаарх Киотогийн нэвтэрхий толь (http://www.genome.ad.jp/kegg/) юм. WIT нь метаболизмын замын бүрэн моделийг бий болгохыг хичээж буй вебийн байгуулалтын сайт юм. Энэ нь одоогоор 39 геном нь бүрэн секвенслэгдсэн организмуудын метаболизмын замын бүрэн моделийг урьдчилсан байдлаар гаргачихаад байгаа юм. Энэ сайт нь ердлөө метаболизмын замаар зогсохгүй транскрипци, трансляцийн зам болон трансмембраны зөөвөрлөлт ба дохио дамжуулалтын замуудыг багтаасан байдаг юм. Энэ сайт нь харьцангуй текст ихтэй ч чухал модель, схем, зурагнуудыг үзүүлснээрээ онцлогтой.

KEGG бол веб дээр суурилсан метаболизмын замыг визуал орчинд нөхөн сэргээгч өөр нэгэн сайт юм. Энэ метаболизмын замын чухал бүрэлдэхүүн хэсэг болох фермент, лигандуудыг EC нэршил, дугаараар нь хайх боломжийг олгосноос гадна тэдгээрийн талаар дэлгэрэнгүй мэдээлэл авахад зориулан холбогдох линкүүдийг тавьсан байдаг. LIGAND өгөгдлийн сан нь биохимийн чухал урвалуудад оролцогч жижиг хэмжээний молекулуудыг хайхад зориулагдсан болно.

PathDB

PathDB нь метаболизмын замын бас нэгэн төрлийн өгөгдлийн сан юм. Энэ нь WIT, KEGG нартай бараг адил хэмжээний мэдээлэл агуулдаг ч биохимийн замд чухал үүрэг гүйцэтгэгч бүрдэл хэсгүүд, эдгээр нэгжүүдийг холбогч шатуудын талаарх мэдээллийг өөртөө багтаадаг. Энэ сайтаар бусад өгөгдлийн сангуудаас илүү хялбар аялах боломжтой юм. Зүгээр нэгэн биохимийн замын зургаас илүүтэйгээр PathDB нь танд A цэгийг В цэгтэй холбох буюу А нэгдэлийг В нэгдэлтэй холбох мэдээллийг өгч чадна. PathDB нь Java Runtime Environment (JRE)-ийн 1.1.4 болон түүнээс дээшхи хувилбарууд дээр ажиллах чадвартай. Sun болон IBM нь Linux системд JRE-г суулгах боломжийг олгодог. JRE-г суулгасны дараа та PathDB-ийн install-г уншуулан дараа нь хэрэглэх боломжтой.

Advertisements

Хариулт үлдээх

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Өөрчлөх )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Өөрчлөх )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Өөрчлөх )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Өөрчлөх )

Connecting to %s