Веб дэх геномын мэдээлэлд нэвтрэх нь

Геномын хагас болон бүрэн ДНХ-ийн зуу зуун дарааллыг GenBank-аас олж болно. NCBI нь энэхүү вебсайт дахь мэдээллийг хэрэглэгчдэд илүү ойлгомжтой байдлаар тавихыг хичээн сайжруулалт хийж байгаа ажээ.

Геномын зургийг харах нь дэлхийн газрын зураг руу харж байгаатай адил юм. Та дэлхийн газрын зургаас ямар улсууд байгааг ерөнхийд нь харж болно. Мөн та А цэгээс Б цэг хүртэлх хэсэг газрыг харж болно. Энэ хоёрт хоёуланд нь өөр төрлийн газрын зураг хэрэгтэй. Та Сан Диегогоос Блэксбург хүртэлх зайг мэдэж тэнд Блэксбургт очиж Виржиниагийн Техникийн их сургуулийн кэмпусын бүтцийг мэдэж болно. Тухайн газрын нэр, зип код нь GenBank-ийн хувьд генийн нэр, GenBank-ийн ID болох бөгөөд үүгээр нь хайж болно. Энэхүү генийн нөөцийн сангийн сайтууд нь газрын зургийн хайлтын MapQuest мэтийн сайтуудтай адил үйлчилгээ үзүүлдэг гэж хэлж болох юм.

Гэвч газрын зургийн хайлтын системийн адил геномын сангийн хайлтын систем нь хязгаарлагдмал юм. Та MapQuest-с Блэксбург дэх бүх гудамжны талаар мэдээллийг олж авч чадах боловч Энэтхэг дэх Мангалор, Кочин хоёрын дундах замын богино холбоосын талаарх мэдээллийг MapQuest-с мэдэж авах боломжгүй юм. NCBI болон EMBL-с та хүний геномын нарийн мэдээллийг олж авч чадах ч муурны геномын нарийн мэдээллийг олж авч чадахгүй юм. Учир нь муурны геномыг хараахан тайлж амжаагүй байгаа билээ.

NCBI Геномын нөөцийн сан

NCBI-ийн үндсэн вебсайт дээрээс та маш олон төрлийн геномын сантай харьцаж болно. Энэ сайт нь ашиглахад маш хялбар бөгөөд танд заавал мэдээллийн технологийн болон биологийн шинжлэх ухааны өндөр нарийн мэдлэг шаардлагагүй юм. Та зөвхөн тухайн хэрэгтэй товч дээр дарахад л хангалттай.

Геномын мэдээлэл

Геномын төслийн талаарх мэдээллүүд NCBI-ийн Entrez Genomes хуудас дээр байгаа. Мэдээллийн сангийн өгөгдлүүдийг микроорганизмын, архай, бактери, эукариот, вирусынх гэж ангилсан байдаг. Эдгээр хоорондоо харилцан холбоотой организмуудын дундаас геном нь судлагдсан л бол энд байх болно. Хэрэв тухайн организмын геномын зураг нь гарсан бол “Геномыг харах” гэсэн линкэн дээр дараад харж болно.

Зураг харагч

Хэрэв организмын геномын зураг нь байдаг бол та зургийг хэдэн төрлийн янзаар харж болно. Та зургаас мэдэгдэж буй уургийг кодлогч хэсгийг томруулж харж болох бөгөөд энэ хэсгийн талаарх мэдээллүүдийг текст форматаар татаж авах боломжтой. Мөн хэрэглэгч зургийн график хэлбэрийг харж болох бөгөөд хүссэн хэсэгтээ томруулах боломжтой юм. Бүрэн зургийг харах боломж одоогоор зөвхөн хүн болон дрозофил ялааны хувьд боломжтой байна.

ORF Finder

Open Reading Frame (ORF) хайгч нь ДНХ-с Open Reading Frame-г олох зориулалттай юм. ORF хайгч нь стандарт болон хэрэглэгчийн тодорхойлсон генетик код ашиглан хайлтаа хийдэг. Уураг кодлодоггүй ДНХ-ийн хэсэгт стоп кодонууд их илэрдэг. Стоп кодонгүй маш урт дарааллыг кодлогч хэсэгт тооцдог.

LocusLink

Энэ нь хэд хэдэн эукариот организмын мэдэгдэж фенотипыг нөхцөлдүүлэгч локусуудыг олох программ юм. ЛокусЛинк нь шинж чанаруудыг цагаан толгойн үсгийн дарааллаар байх бөгөөд HomoloGene, MapViewer-ийн линкүүд бас байдаг.

HomoloGene

HomoloGene нь дөрвөн эукариотын геномын (хүн, хулгана, харх, алаг загас) хос ортологуудыг агуулсан нөөц юм. Ортолог хос нь ижил төстэй байдлын тооцоон дээр нь үндэслэн гаргасан байдаг. HomoloGene-с хайлт хийхдээ генийн симбол, генийн нэр, GenBank-ийн ID зэргээр хайж болно.

Clusters of Orthologous Groups (COG)

COG буюу ортолог бүлгүүдийн бөөгнөрөл нь ортолог уургийн бүлгийн нөөцийн сан юм. Энэ санг бүрдүүлэхэд 21 бүрэн геномыг судалсны дүнд гарган авчээ. COG нь эволюцийн түүхийн туршид хадгалагдаж буй зарим генүүдийг агуулсан байдаг. Энэ генүүд нь эволюцийн түүхийн эхэн үед бий болоод бүхий л мэдэгдэж буй геномд агуулагдаж байдаг ажээ. COG-д та функцийн категори, филогенетикийн байдал, болон бусад шинж чанараар нь хайх боломжтой юм.

TIGR Геномын нөөцийн сан

Геномын Судалгааны Институт нь шинэ геномын дараалал бий болгогч үндсэн байгууллагуудын нэг юм. TIGR-ийн үндсэн секвенсингийн төслүүдийн ихэнх нь микроорганизмын болон газар тариалангийн ургамлын геномыг хамарсан байдаг. Мөн энэ институт хүний 16-р хромосомыг маш их нарийвчлан судалсан байна. TIGR нь саяхан Микробийн нөөцийн санг бий болгосноо зарласан нь өөрсдийн геномыг нь ялгаж авсан бүх микроорганизмын геномын мэдээллийг багтаасан нөөцийн сан юм. Тухайн байгууллага нь судлагдсан микроорганизм тус бүрийн геномыг нь харж, судалж болох өөрийн гэсэн сайттай юм. Та эндээс TIGR-ийн нийлүүлсэн геномын өгөгдлийн omniome гэж тодорхойлсон зүйлсийг хайж болно. TIGR-ийн сайтын хэрэгслүүд нь NCBI-ийнхтай адил визуал түвшинд байж чадахгүй ч энэ сайтын өгөгдлүүд нь бүрэн геномоос илүүтэйгээр экспресслэгдсэн дарааллын тагуудыг (ESTs) ихээр агуулдаг. Энэ сайтад та зүгээр л геномын зурган дээр дарахаас илүүтэйгээр тодорхой мэдээллийг оруулж хайх ёстой.

EST нь цДНХ-ийн клоны жижиг хэсгүүд юм. Энэ нь молекул биологичдод маш хэрэгтэй судалгааны эх үүсвэр болдог байна.

EnsEMBL

EnsEMBL нь EMBL, EBI бoлон Sanger төвийн хамтарсан сайт юм. Энэ нь автоматаар хүний геномын секвенслэгдсэн дарааллуудыг хайж тэднийг хооронд нь нийлүүлэх сайт юм. Ийнхүү автоматжсан байдал нь хэрэглэгчдэд судалгаа хэрхэн явагддагийг том ойлгоцийг өгч байгаа юм. 2000 оны 6 сард Хүний Геномын консорциум хүний геномын зургийн эхний хувилбарыг гаргаж тавьсан билээ. Ийм маягийн зургуудийг гаргаж авахад маш олон жил зарцуулдаг бөгөөд эдгээр нь хамгийн сүүлийн үеийн хувилбараараа тавигддаг бөгөөд шинэ төрлийн судалгаанууд явагдсаны дараа бага хэмжээний засварууд орох нь бий.

EnsEMBL-с ген хайх гурван өөр арга бий: BLAST хэмээх өгөгдлийн эсрэг лавлах маягийн хайлт, мэдэгдэж буй ген, транскрипт, зургийн маркерийн ID зэргээр хайх, хросомын зургийн хайлтаар хромосомыг сонгож сонирхсон хэсгээ томруулах замаар хийх гэсэн аргууд байдаг. Та энд хайлт хийхийн тулд юу хайж байгаагаа мэдэх, эсвэл ямар хромосом дээрээс хайлт хийхээ мэдэж байх ёстой.

Бусад секвенсингийн төвүүд

TIGR нь геномын өгөгдлийг гаргаж, хайх, судлах программыг бий болгох цор ганц төв биш юм. Биоинформатикийн маш олон судалгааны төвүүд байдаг бөгөөд тэдгээр нь тус тусын вебсайттай. Вашингтоны их сургуулийн геномын төвийн вебсайт нь ген нийлүүлэгч хэрэгслээрээ алдартай. Бусад төвүүд гэвэл: Sanger төв, DOE Joint Геномын институт, Ст. Луй дахь Вашингтоны Их Сургууль зэрэг юм.

Идэвхтэй үйл ажиллагаа явуулж буй геномын секвенсингийн төслүүдийн талаарх бүрэн жагсаалтыг та Genomes OnLine Database (GOLD)-с олж болно.

Тодорхой организмын нөөцийн сан

The Arabidopsis Information Resource (TAIR) буюу Arabidopsis thaliana ургамлын геномын мэдээллийн сангийн сайт нь тодорхой организмд чиглэсэн вебсайтын сайн жишээ юм. EnsEMBL, NCBI дахь стандарт хэрэгслүүдээс гадна зургийг томруулж, мэдээлэл олох, секвенсийн анализийн хэрэгслүүд мөн бий. TAIR нь олон төрлийн мэргэжилтнүүдийн зааварчилгаат мэдээллүүдийг авах боломжуудыг олгодог. Үүнээс өөр организмуудын геномын сайтуудын талаарх мэдээллийг та GOLD, NCBI, EMBL зэргээс олж болно.

Advertisements

Хариулт үлдээх

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Өөрчлөх )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Өөрчлөх )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Өөрчлөх )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Өөрчлөх )

Connecting to %s