Cеквенсийн нэгтгэл

Суурийг сэргээх нь бүтэн геномыг гаргаж ирэх процессийн ердөө эхний алхам нь юм. Суурийн 400-500 base pair-ийн урттай дарааллуудыг холбож бүрэн геномыг бий болгох нь тэдгээрээс хэдэн зуун мянга дахин урт дараалал үүснэ гэсэн үг юм. Бүрэн секвенсийн нэгтгэлийг та томоохон геномын төсөл дээр л ажиллаагүй бол хийх боломжгүй юм. Гэвч жижиг лабораторид тодорхой программ ашиглан нэгтгэлийг хийж болно.

Shotgun аргыг ашигласан тохиолдолд ихэвчлэн дарааллууд тодорхой хэсгээрээ юм уу эсхүл бараг бүрэн давхцсан байдаг. Дорх зурагт Shotgun секвенсингийн аргын схемийг харуулсан байна.

Нэгтгэлийн алгоритм нь бүх шаардлагуудыг хангаж байх ёстой бөгөөд геномын фрагментүүдийг нийлүүлэхдээ оптимал дарааллаар нийлүүлэх ёстой юм. Олон дахин давтагдсан дарааллууд нь нэгтгэлийн процессийг ярвигтай болгодог. зарим фрагментүүд нь клонингт орох боломжгүй байдгаас хоорондын зай гарлаг. Нэгтгэл хийгдэж байх явцад хангалттай мэдээлэл дуусвал contig үүснэ. Үүний дараа нэгтгэлээр шинэ contig үүсэх болно. Вашингтоны их сургуулийн Геномын төвийн Phrap програм нь компьютерийн их цаг зарцуулдаг ч сайн нэгтгэлийг хийдэг юм.

Advertisements

One thought on “Cеквенсийн нэгтгэл

Хариулт үлдээх

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Өөрчлөх )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Өөрчлөх )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Өөрчлөх )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Өөрчлөх )

Connecting to %s