Cеквенсийн нэгтгэл

Суурийг сэргээх нь бүтэн геномыг гаргаж ирэх процессийн ердөө эхний алхам нь юм. Суурийн 400-500 base pair-ийн урттай дарааллуудыг холбож бүрэн геномыг бий болгох нь тэдгээрээс хэдэн зуун мянга дахин урт дараалал үүснэ гэсэн үг юм. Бүрэн секвенсийн нэгтгэлийг та томоохон геномын төсөл дээр л ажиллаагүй бол хийх боломжгүй юм. Гэвч жижиг лабораторид тодорхой программ ашиглан нэгтгэлийг хийж болно.

Shotgun аргыг ашигласан тохиолдолд ихэвчлэн дарааллууд тодорхой хэсгээрээ юм уу эсхүл бараг бүрэн давхцсан байдаг. Дорх зурагт Shotgun секвенсингийн аргын схемийг харуулсан байна.

Нэгтгэлийн алгоритм нь бүх шаардлагуудыг хангаж байх ёстой бөгөөд геномын фрагментүүдийг нийлүүлэхдээ оптимал дарааллаар нийлүүлэх ёстой юм. Олон дахин давтагдсан дарааллууд нь нэгтгэлийн процессийг ярвигтай болгодог. зарим фрагментүүд нь клонингт орох боломжгүй байдгаас хоорондын зай гарлаг. Нэгтгэл хийгдэж байх явцад хангалттай мэдээлэл дуусвал contig үүснэ. Үүний дараа нэгтгэлээр шинэ contig үүсэх болно. Вашингтоны их сургуулийн Геномын төвийн Phrap програм нь компьютерийн их цаг зарцуулдаг ч сайн нэгтгэлийг хийдэг юм.

Advertisements

One thought on “Cеквенсийн нэгтгэл

Хариу Үлдээх

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

Та WordPress.com гэсэн бүртгэлээрээ сэтгэгдэл бичиж байна. Гарах /  Өөрчлөх )

Google+ photo

Та Google+ гэсэн бүртгэлээрээ сэтгэгдэл бичиж байна. Гарах /  Өөрчлөх )

Twitter picture

Та Twitter гэсэн бүртгэлээрээ сэтгэгдэл бичиж байна. Гарах /  Өөрчлөх )

Facebook photo

Та Facebook гэсэн бүртгэлээрээ сэтгэгдэл бичиж байна. Гарах /  Өөрчлөх )

w

Connecting to %s