Генийн дараалал тогтоохоос геномын дараалал тогтоох хүртэл

Бид электрофорезийн аппаратад ДНХ-ийн секвенсийн фрагментүүдийн шат үүсгэх замаар ДНХ-ийн дараалал тогтоох аргыг үзсэн билээ. Генийн дарааллыг тогтоох процессийн үед тулгарсан тооцооны нэгэн бэрх даваа бол электрофорезийн гельд үүссэн ДНХ-ийн фрагментүүдийг тайлбарлах явдал байсан юм.

Боловсруулаагүй секвенсийн өгөгдлийн анализ: суурийг сэргээх

ДНХ-ийн секвенсингийн боловсруулаагүй өгөгдлөөс тодорхой дарааллыг гаргаж авах процессийг суурийг сэргээх гэж нэрлэнэ. Геномын сэквенсийн өгөгдлийн эцсийн хэрэглэгчийн хувьд та секвенсерийн боловсруулаагүй өгөгдөлтэй харьцах боломжгүй бөгөөд та тусгай боловсруулалт хийгч программаар гаргаж ирсэн дарааллын өгөгдөлд найдахаас өөр аргагүй юм. Хэрэв энэ шатанд программ алдаа гаргасан бол энэ нь цаашдын судалгаанд нөлөөлөх болно. Суурийн дарааллын алдаа нь секвенсер болон бусад багажнуудын үйл ажиллагаанаас үүдэлтэй байж бас болдог. EST болон геномын зураглалын дарааллууд нь хамгийн их алдаа гаргах хувьтай байдаг. GenBank дахь дараалал бүр дор хаяж нэг алдааг агуулж байдаг. Секвенсингийн технологийг сайжруулах, ялангуяа илрүүлэх, боловсруулалт хийгч багаж, программуудын талаар идэвхтэй судалгаа хийгдэж байна.

ДНХ-ийн секвенсинг хийх өргөнөөр хэрэглэгддэг хоёр арга байна. ДНХ-ийн секвенсинг нь ДНХ-ийн фрагментүүдийг гель электрофорез дээр гүйлгэж, нэг суурийн нарийвчлалтайгаар хийгдэж байна. Энэ нь дөрвөн төрлийн флуоресцент маркерийг ашигладаг ба энэ нь нэг гельд дөрвөн өөр төрлийн өнгө холилдсон дарааллыг бий болгодог. Бас нэгэн өргөнөөр ашиглагддаг автомат секвенсер нь Pharmacia ALF-ийн дээж тус бүрийг тусгаарласан байдалтайгаар гүйлгэдэг секвенсер юм. Энэ хоёрын аль алинд гелийг лазерийн сканнер ашиглан дөрвөн өөр төрлийн флуоресцент маркерийг тэмдэглэж авдаг. Дөрвөн өнгөтэй протоколд гельтэй перпендикуляр байрлалтай лазер дөрвөн өнгөт филтерийг ашиглан дарааллыг тогтоодог. Харин нэг өнгөт протоколд лазер нэг туршилтаас гарсан дөрвөн гельд параллель чиглэлд байрлах бөгөөд тэдгээрийг нийлүүлэн дарааллыг гаргаж авдаг. Энэ хоёр арга тус бүр нь туршилтын хэлбэрээс хамааран ашигтай болон дутагдалтай талтай байж болно.

Суурь сэргээх автомат хэрэгслүүдийн зарим нь тодорхой секвенсинг хийх багажтай болон өгөгдлийн хэлбэрт бүрэн зохицсон байдаг. Гэвч ихэнх нь дараалал тогтоох үедээ мэргэжилтний хяналтыг шаарддаг.

Боловсруулаагүй секвенсингийн өгөгдөл гэдэг нь секвенсингийн гель дээрх тодорхой байрлал дээр ямар флуоресцент будаг байгааг тодорхойлсон график мэдээлэл юм. Суурь сэргээх процесс нь энэхүү графикаас дөрвөн үсэгнээс бүрдсэн дарааллыг бий болгодог юм. Энэ нь автомат шинж чанартай ч нэг дор унших дарааллын хувьд хязгаарлалттай байдаг. Секвенсингийн гель дээрх салалт нь төгс биш тул флуоресценцийн график дээрх цоройлтын оройнууд өргөссөн, давхцсан байх нь бий. Тиймээс  оройнуудыг яг ямар суурийг зааж байгааг тогтоох боломжгүй болсон байдаг.

4Х болон 10Х секвенсинг гэдэг нь тухайн геномын тодорхой хэсэг 4 дахин эсвэл 10 дахин давтагдан секвенсингд орсон гэсэн үг юм. Ингэж олон дахин секвенсинг хийж үр дүнгүүдийг нийлүүлж эцсийн үр дүнг гаргадаг.

Орчин үеийн секвенсингийн аргуудад нь микроскопик каппиляр системтэй гелийг хэрэглэхээ болсон ч үндсэн зарчим нь хэвээр байгаа билээ: ДНХ-г жижиг фрагментууд болгон задалж дараа нь электрофорезд гүйлгэнэ. Тиймээс ихэнх Геномын нөөцийн сангаас та боловруулаагүй өгөгдлийг олж харахгүй. Ер нь ихэнх тохиолдолд боловсруулаагүй мэдээлэл нь хэрэг болохгүй байх нь бий. Гэвч тооцоололт өргөн хөгжих ирээдүйд та боловсруулаагүй өгөгдлийг ашиглах боломжтой болж болох юм.

Суурийг сэргээх нэгэн худалдааны бус бүтээгдэхүүн нь Вашингтоны их сургуулиас гаргасан Phred юм. Энэ программ нь Фурие анализ ашиглан флуоресценцийн оройнуудаас эхний байдлаар дарааллыг гаргаж авах бөгөөд дараа нь динамик байдлаар тодорхой дарааллыг гаргаж авахдаа таамагласан анхны байдалтай харьцуулдаг ажээ. Phred нь гаргаж ирсэн суурьтаа оноо өгдөг бөгөөд оноо их байх тусам алдаа гарсан байх магадлал бага байна гэж ойлгож болох юм. Харин үүний эсрэгээр байх аваас секвенсингийг дахин хийх хэрэгтэй юм. Phred нь Phrap хэмээх дарааллыг нийлүүлэх программд өгөгдлийг шилжүүлэх чадвартай бөгөөд сүүлийн программ нь дарааллын талаарх мэдээлэл, Phred-ийн оноог харгалзан нийлүүлэлтийг явуулдаг.

Advertisements

3 thoughts on “Генийн дараалал тогтоохоос геномын дараалал тогтоох хүртэл

  1. adminaa gatns ym guih geed l. shashnii hesegtee ertnii grekiin burhadiin tuhai, bas domgiin tuhai orulj ogch bolohuu (arai delgerengui). jishee ni buh zuiliin ehlel chaosiin tuhai. anh burhad yaj uussen cronus, uranus, gaea ,zeus, posseidon, hades gd

    Like

Хариулт үлдээх

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Өөрчлөх )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Өөрчлөх )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Өөрчлөх )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Өөрчлөх )

Connecting to %s